1950年，蔣介石在臺灣自我加冕，恢復了中華民國總統職務。毛人鳳也就重新當上了保密局局長。他以爲，雖然在南京和重慶的時候，他總要受制於人；如今到了臺灣，總算應該苦盡甘來，讓他可以舒舒服服地在情報系統的第一把交椅上終老了。只是計劃總趕不上變化，就在他自鳴得意的時候，卻沒有意料到自己正要面對一個實力超強的對手——“太子”蔣經國。
國民黨敗退臺灣後，國民政府面臨着幾乎失控的社會秩序，面對強大而有效的特務機關對於他們穩定局面十分重要。1950年月，蔣介石任命蔣經國爲“國防部總政治部主任”，兼任特設的“總統府機要室資料組主任”。蔣經國的官銜雖不高，權力卻超越三軍將領。它既可以命令“臺灣保安司令部”等相關部門執行具體命令，又可以通過對情報特務機關人事任免的備案，掌握全島特務名單，說它是臺灣情報機關的決策指揮機構也毫不誇張。
蔣經國上臺之後，面臨的就是臺灣情報系統已經存在的兩股勢力：其一是臺灣原先最大的情報單位——保安處，它是沿襲日佔時期駐軍司令部“特務機關”和抗戰時期的“戰區第二處”的編制而設立的；其二是以大陸過來的“中統”和“軍統”系統爲班底的保密局。這兩股勢力的頭子分別爲：彭孟緝和毛人鳳。
蔣介石和蔣經國都明白，要整合臺灣的情報系統，必須先搬掉這兩塊石頭。爲了能讓蔣經國儘快上位，蔣介石首先親自出手勸退了中統的陳立夫，其後授意蔣經國多次在公開場合宣稱：“軍統、中統兩大特工組織合爲一家，嚴加整肅，統一運籌。”
彭孟緝看到蔣經國親自出馬，彭孟緝不敢託大了。一方面，彭孟緝只是一個“臺灣省保安中將司令”，當時臺灣島“將星如雲”，上將、中將一抓一大把，所以毫不起眼；另一方面，彭孟緝一直供職于軍隊，在情報系統沒有什麼家底，當初，蔣介石也是希望對毛人鳳有所制約纔將他安插進情報系統的。現在有個更大的官壓陣，他當然就要把位子讓出來。所以，彭孟緝是完全按“太子”眼色行事，不敢有半點出軌。
但是毛人鳳卻沉不住氣了。誰願意在春夏辛苦耕耘後，到秋天任他人摘取自己的勞動果實？也許是到了一定年紀，自詡也算是“功臣”了，毛人鳳一反常態，自恃有蔣介石做靠山，居然在國民黨的中常委會上聲稱：“情報工作是很專業的東西，不能讓外行來領導內行。戴老闆生前就說過，軍統是10萬人的大家庭。要管理好可不容易啊！”這些話當然傳到了蔣經國的耳中。
但是蔣經國並不急於反攻。此時他信心滿滿，正在編織自己的大好前程。在他看來，毛人鳳再鬧騰，也只是一隻秋後的螞蚱，得意不了幾天。有老爸蔣介石撐腰，將來保密局總歸是自己的囊中之物。可是很快他就發現，毛人鳳對他不僅只是口頭的不滿，更是處心積慮地在挖陷阱，想辦法要讓他身敗名裂。當然這就是你毛人鳳想錯了，這時蔣家的天下，量你毛人鳳有多大的本事，也不過是蔣家的奴才而已。
毛人鳳暗中收集了蔣經國的親信毛邦初在美國受賄貪污的消息，報到蔣介石的案頭上。蔣介石雖然沒有如毛人鳳所期待的那樣真的查辦，但還是把蔣經國給結結實實地教訓了一通，弄得蔣經國好長一段時間抬不起頭來。
蔣經國遭此一劫，對毛人鳳恨得咬牙切齒，更加急於瓦解毛人鳳的鐵桶江山，將保密局“收歸國有”。用什麼手段能達到這個目的？國民黨情報老手鄭介民向他獻了一計:開辦訓練班，召訓新生及複訓保密、內調兩局現有幹部；在此基礎上，將兩局人員混編，以打破兩局長期以來的半敵對狀態，建立現代諜報體制，結束私人割據的局面。
這是對諜報系統的根本改革，也是對毛氏的“獨立王國”的根本動搖，非同小可，蔣經國豈敢擅自拍板，必須蔣介石點頭。而要蔣介石點頭，並不是一件容易的事。恰巧這時發生了杜長城案，才使蔣介石不得不認可蔣經國的決策。
杜長城算是一個知名人士，曾在四平戰役中立有“戰功”。國民黨逃離大陸時，杜任國防部技術總隊隊長，負責破壞各種設施，阻滯解放軍前進；抵臺初期，在“保衛大臺灣”的口號下，技術總隊又設計出在海水中遇敵自動升起爆炸的多種詭雷，備受毛人鳳讚賞。毛有意提攜杜長城，想進一步委以重任。
但陶醉於功名的杜長城，完全迷失了自我，不知道自己究竟幾斤幾兩。當時正值陳誠以解放軍渡海作戰爲假設，在臺灣海峽搞了幾次“海上大爆破”的軍事演習，杜長城利用這個機會，亂造預算，貪污了不少黃金，其中一部分送到毛公館，孝敬了毛夫人向影心。在毛人鳳縱容下，他還竟然異想天開，打算綁架蔣經國。誰知內情被蔣經國偵知，杜長城和他的親信多人被捕。軍法單位對如此大案不敢審決，將全部涉案名單上呈蔣介石。蔣介石一怒之下，用紅筆在呈文正面的名單上打個括號，批示“一律槍決”。杜長城及涉案的另一個毛氏親信胡凌影沒能逃過此劫，成了蔣經國的槍下鬼。
此後，蔣經國一下子搞掉了毛人鳳的兩員大將，但這還不是毛人鳳最大的損失，毛的最大損失是:經過此案，蔣介石對毛人鳳開始失去信任，因而完全接受了蔣經國擬訂的諜報系統改革方案。等蔣介石一批定蔣經國的改革方案，一切便雷厲風行，毛人鳳大勢遂去，蔣經國便正式君臨臺灣諜報系統，成了地道的臺灣特工王。（未完待續）